L'interface utilisateur d'xyscan (GUI) est constituée d'une fenêtre principale. La zone blanche de numérisation est la seule partie permanente de la fenêtre principale, toutes les autres fenêtres plus petites peuvent être fermées, amarrées à la fenêtre principale, ou gardées flottantes (détachées) à tout moment. Cette section donne un aperçu des principaux composants d'xyscan et le processus typique d'une numérisation.